１８８９年（明治２２年）、米国南部バプテスト連盟よりマコーラム宣教師、ブランソン宣教師が横浜に上陸しました。それを皮切りに多くの宣教師が西日本方面へ派遣され、伝道は活発化しました。１９０３年には西部組合が結成され、当教会も組合のために尽力しました。その後、第二次世界大戦勃発の機運が高まり、国策によって西部組合に加盟していた当時のバプテスト教会は日本基督教団の中に収斂されていきました。敗戦後、１９４７年４月にE.Bドージャー宣教師の呼びかけにより、１６教会が福岡・西南学院教会に集まり、連盟結成総会を開催、日本バプテスト連盟が結成されました。当教会は、その１６教会の中の１教会です。